A partir del año 1090, el campeador comenzó a llevar acciones por todo el levante a único título personal, sin el mandato de nadie. Tras saquear este Denia, la taifa de Lérida se vuelve a aliar con Berenguer II de Barcelona contra el Cid, y este nuevamente les derrota en una batalla en Morella. Consigue que los aliados catalanes renuncien a sus intereses en levante, y Rodrigo se convierte en un protector que cobra tributo a una decena de taifas del levante, entre ellas Valencia, Tortosa, Sagunto o Denia.
Dado el poder del campeador, Alfonso VI se alía con Sancho de Aragón, Berenguer II de Barcelona y algunos estados italianos para asaltar las taifas levantinas y arrebatarle su poder, pero fracasan. Rodrigo en represalia, saquea La Rioja en un nuevo conflicto de intereses personales.
En el año 1093, el Cid lanza finalmente una ofensiva contra la ciudad de Valencia, a la que accede tras ser sitiada durante un año. Se proclama a sí mismo "Princeps Rodericus Campidoctor" creando un señorío hereditario aparte de la realeza. Comienzan así unos años turbulentos en los que el Cid se alía con el nuevo rey Pedro I de Aragón, y el nuevo Conde de Barcelona, Ramón Berenguer III. Juntos libran muchas batallas contra los mahometanos, como las de Cuarte y Bairén, de las que salen victoriosos. La unión del Cid con la realeza se hace patente, pues su hija Cristina es casada con un infante de Pamplona, y su hija María hace lo propio con el Conde de Barcelona, haciendo así a Rodrigo ancestro de varios reyes posteriores de la península.
En julio de 1099 el príncipe Rodrigo Díaz de Vivar, el Cid Campeador, fallece en la ciudad de Valencia. Su esposa doña Jimena, ahora Señora de Valencia, logra mantener sus dominios durante unos años más, con la ayuda de su yerno R. Berenguer III. Finalmente, dado el fuerte empuje de las tropas almorávides, todo el séquito del difunto Cid, abandona Valencia en el año 1102, que con el socorro del amigo y enemigo rey de León y Castilla Alfonso VI, les facilita el traslado a Burgos, donde el Cid es enterrado.
Las leyendas en torno a esta gran figura se han sucedido durante siglos. Pronto algunos manuscritos de la época narraron todas sus gestas, en documentos tan conocidos como el Cantar de Mio Cid, o la Historia Roderici. Famosos se hicieron su inseparable caballo Babieca, o sus triunfales espadas Tizona y Colada.
Dicen las leyendas que tan temido fue este caballero, que incluso despues de muerto fue embalsamado y montado a caballo por sus tropas, ya que al verle sus enemigos huían, pues temían enfrentarse a él. Tal es su leyenda que se suceden por España los topónimos con el apelativo "del Cid", como varias poblaciones y montañas de las provincias de Burgos, Castellón y Alicante.
El Cid, don Rodrigo y su esposa doña Jimena, descansan hoy día en la Catedral de Burgos.
